Филиал на водном транспорте является структурным подразделением ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» и обеспечивает государственный санитарно-эпидемиологический надзор на водном транспорте, имеет в своем составе испытательный лабораторный центр аккредитованный для проведения лабораторно-инструментальных исследований на объектах водного транспорта, а так же иных береговых объектах, зданиях сооружениях и территории.